[Aetae]

Изначально не подумал вот и мучаешься. Надо было сразу строить массив правильно. Технически никакой разницы же нет.

function gen() {
    for(i=0; i < yLength; i++){
        array[i] = [];
        for(j=0; j < xLength; j++){
            array[i][j] = "X";
        }
    }
}
function vis() {
    for(i = 0; i < xLength; i++) {
        for(j = 0; j < yLength; j++) {
                    arrayM = arrayM +array[j][i];
        }
    arrayM = arrayM + "<br>";
    }
}
function addPoint(x,y){
    array[x][y] = "O";
}