SLameN,
если id правильное
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
<script type="text/javascript">
function checkAllOne(id, checkboxName, varChecked) {
var tablinks = document.querySelectorAll(id +' [name="'+checkboxName+'"]');
for (var i = 0, j = tablinks.length; i < j; i++) {
tablinks[i].checked = varChecked;
}
}
</script>
</head>
<body>
<form method="post">
<table id="myTable1" style="width: 100%;" >
<tr>
<th><input type="checkbox" name="total" onClick="checkAllOne('#myTable1','phone[]',this.checked)" /></th>
<th>Имя</th>
<th>Примечание</th>
</tr>
<tr>
<td><input type='checkbox' name='phone[]' value='79507103955' /></td>
<td>Соловей Дмитрий Юрьевич</td>
<td>Информационный портал</td>
</tr>
<tr>
<td><input type='checkbox' name='phone[]' value='79524257247' /></td>
<td>Хавкин Родион Владимирович</td>
<td>Портал Контакт-Центра</td>
</tr>
</table>
<table id="myTable2" style="width: 100%;">
<tr>
<th><input type="checkbox" name="total" onClick="checkAllOne('#myTable2','phone[]',this.checked)"/></th>
<th>Имя</th>
<th>Примечание</th>
</tr>
<tr>
<td><input type='checkbox' name='phone[]' value='79507103955' /></td>
<td>Соловей Дмитрий Юрьевич</td>
<td>Информационный портал</td>
</tr>
<tr>
<td><input type='checkbox' name='phone[]' value='79524257247' /></td>
<td>Хавкин Родион Владимирович</td>
<td>Портал Контакт-Центра</td>
</tr>
</table>
</form>
</body>
</html>