[Zuenf]

Добавь класс(например .wrap-comments) диву, который содержит все комментарии(у которого маргин-топ: 40пкс).
И поменяй js примерно так:

$(document).ready(function() {
	var template_path = "http://test.altme.org.ua/altme/template/altme_1";

	$('.send_new_comment').on('click', function() {
			var message = $('.new_comment').val();
			var id_mat = $(this).attr('id_mat');
			$.ajax({
	            type: "POST",
	            url: template_path+"/function_php/all_function.php?page=material&type=send_new_commet",
	            dataType: "json",
	            async:false,
	            data: {
	            	message:message,
					id_mat:id_mat
	            },
	            success: function (data) {
	            	if(data['status']=='true'){
	            		$('.new_comment').val('');
						$('.event_other').removeClass('red').addClass('green').text('Успешно оставлен комментарий!').fadeIn().delay(3000).fadeOut();
	            		$('.new_comment_add').prepend(data['text'])
	            		.children()
	            		.css({backgroundColor:"rgba(255,237,116,0.2)"})
	            		.animate({backgroundColor:"rgba(255,255,255,0)"},4000)
	            		.fadeIn();
	            		$('.reply').on('click',mat_reply);
	            	}else{
	            		$('.event_other').removeClass('green').addClass('red').text(data['text']).fadeIn().delay(3000).fadeOut();
	            	}
	            }
	    	});
			return false;
		});	



	function mat_reply(){

				var reply = $(this);

				var slide = $(reply).parent().parent().parent().children('.add_commnet');

							$(slide).stop().toggleClass('open');

							if($(slide).hasClass('open')){
								$(slide).slideDown('fast');

								console.log("open");
							}else{
								$(slide).slideUp('fast');
								//event.preventDefault();
								//event.stopPropagation();
								//event.stopImmediatePropagation();
								//$(reply).off('click',mat_reply);
								console.log("close");
							}
						$(reply).parent().parent().parent()
						.children('.add_commnet')
						.children('.send_reply_comment')
						.on('click', function() {

							var message = $(this).parent().children('.reply_comment').val();
							var id_mat = $(reply).attr('id_mat');
							var id_mat_id = $(reply).attr('id_mat_id');

							$.ajax({
					            type: "POST",
					            url: template_path+"/function_php/all_function.php?page=material&type=send_reply_commet",
					           	dataType: "json",
					           	async:false,
					            data: {
					            	message:message,
									id_mat:id_mat,
									id_mat_id:id_mat_id
					            },
					     
					            success: function (data) {
					            		console.log("ajax done");
						            	if(data['status']=='true'){
						            		$('.reply_comment').val('');
											console.log('Успешно оставлен комментарий!');
						            		$('.reply_comment_add[id_mat_id = '+id_mat_id+']').append(data['text'])
						            		.children()
						            		.css({backgroundColor:"rgba(255,237,116,0.1)"})
						            		.animate({backgroundColor:"rgba(255,255,255,0)"},4000)
						            		.fadeIn();
						            		
						            		console.log("add: "+id_mat_id);

						 					if($(slide).attr('class').match(/open/)){
												$(slide).slideUp('fast');
											}

						 					var qw = $('.reply_comment_add[id_mat_id = '+id_mat_id+']').offset();
						 						qw['top']=qw['top']-220;

						            		$('html, body').animate({
											    scrollTop: qw.top
											}, 1000);
						            		//какая альтернатива ?
			//------------тут убрал строку-------------		            		

						            	}else{
						            		console.log(data['text']);
						            		console.log("ошибка");
						            	}
					            }
					    	});
					return false;
				});
				
	}
//---------И тут поправил---------------
	$('.wrap-comments').on('click', '.reply', mat_reply);
});