Теперь вроде нормально.
var s = " \t\t \t\t Принцип восприятия \t\t \t \t \t\t\t непредвзято создает паллиативный интеллект, условно. \t \n Концепция ментально оспособляет закон внешнего мира. Сомнение раскладывает на элементы неоднозначный структурализм. \n \n \n\nСмысл жизни профанирует принцип восприятия, отрицая очевидное. <p>Жизнь философски ассоциирует напряженный постмодернизм.</p> <p> Объект деятельности означает конфликт. Согласно предыдущему, конфликт, в рамках сегодняшних воззрений, ясен не всем.</p> \n\nИсточник: http://www.artlebedev.ru/kovodstvo/sections/66/";
s = s.replace(/(<\/p>|)\s*\n\s*|<p>/g, '</p><p>').replace(/\s+/g, ' ').replace(/<\/p>.*?<p>/g, '</p>\n\n<p>');
alert('<p>'+s+'</p>');