Как вариант...
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<!--
<script src='http://code.jquery.com/jquery-latest.js'></script>
<link rel='stylesheet type=text/css href=tmp.css' />
-->
<style type='text/css'>
</style>
<script type='text/javascript'>
function my_function(){
show_message('<br>Это сообщение 1 _<br>');
// bla-bla немного кода
setTimeout(function (){
show_message('<br>_ Это сообщение 2<br>');
},2000);
};
function show_message(Txt){
var o=document.getElementById('txt');
o.innerHTML=o.innerHTML+Txt;
}
</script>
</head>
<body>
<input type="button" onclick="my_function()" value="Показать сообщение1 затем сообщение2" />
<p id='txt'></p>
</body>
</html>
Дабы видеть "изменения" по ходу выполнения скрипта - тот скрипт должен разбиваться на потоки.
Каждое сообщение должно выводиться своим потоком. В противном случае ты увидишь только "итог"...