[nerv_]

this.$method == B.prototype.method; // -> fail!

Sweet, все правильно, потому, что метод с баксом - это метод A.

var A = Class.extend(function () {
  this.method = function () { }
});

var B = A.extend(function () {
  this.method = function () {
    return this.$method === A.prototype.method;
  }
});

var C = B.extend(function () {
  this.method = function () {
    return this.$method === B.prototype.method;
  }
});
      

var b = new B();
var c = new C();
console.log(b.method());
console.log(c.method());