А почему не хочет это работать?
<link href="/css/main.css" media="screen" rel="stylesheet" type="text/css" id="stylesheet">
<script type="text/javascript">
window.onload = function() {
var w = parseInt(Math.random() * 4);
if (w == 0) {
document.getElementById("stylesheet").href='/css/main.css';
}
else {
document.getElementById("stylesheet").href='/css/main1.css';
}
};
</script>
</head>