Я обычно использую тег <form> на странице. Внутри - поля и чекбоксы с обязательными аттрибутами name. К кнопке "Отправить форму" добавляю аттрибут id. В файле js определяю нажатие кнопки по этому аттрибуту id. Собираю данные формы одной командой serialize по имени формы. Чтобы собрать данные по чекбоксам использую специальную библиотечку к jquery, ибо стандартный сериалайз не понимает чекбоксы. В результате получаю строку типа name=value&name=falue&checkboxname=true. Эту строку запихиваю в ajax. Который передает ее в php обработчик.
Можно сделать все в одном файле. Файл для php обработчика тоже может быть один, если передавать в него какой-нибудь флаг из ajax
Кстати с jquery и так много проблем возникает, я считаю в первую очередь тебе необходимо четко понимать как это все работает. Рекомендую пройти какой нибудь полноценный курс по jQuery. Например, тут
www.lexsales.ru\kurs_site.php