[Gozar]

Знаю что пост старый, но все же напишу всем кто будет в будущем сталкиваться с проблемой создания динамических input file и не попадания их в $_FILES в IE

Если Вы динамически создаете форму, а в ней есть поля <input type="file" name="name">, то для того чтобы IE отправил форму на сервер с файлами нужно создавать форму так:

if(IE){ //персонально для IE
	  var e = document.createElement('<form id="form_id" name="form_name" enctype="multipart/form-data" target="upl_frame" method="POST" action="index.php">');
	  document.getElementById('par').appendChild(e);
	} 
	else { // для всех остальных
		var e = document.createElement('FORM');
			e.id = 'form_id';
			e.name = 'form_name';
			e.enctype = 'multipart/form-data';
			e.action = 'index.php';
			e.method = 'POST';
			e.target = 'upl_frame';
		document.getElementById('par').appendChild(e);
	}

На этом сайте есть статья про ajax транспорт iframe там об этом почти сказано
http://javascript.ru/ajax/transport/iframe