[Octane]

В новом окне не подключен же jQuery? Возможно, так заработает:

$("#link").click(function() {
        var newWin = window.open("url", "Wnd");
        newWin.focus();
        $("a", newWin.document).css("color","red");
    });

при условии, что все в пределах одного домена происходит.