Не хотят они никак onload выполнять, наверное, тогда выход один: добавить перед </body> для каждого нового окна:
<script type="text/javascript">ready = 1</script>
А из родительского окна уже по таймеру запускать действие:
$("#link").click(function() {
var newWin = open(this.href, "Wnd");
(function() {
if(newWin.ready) {
$("a", newWin.document).css("border", "10px solid #f00");
} else {
setTimeout(arguments.callee, 20);
}
})();
return false;
});