[Octane]

Не хотят они никак onload выполнять, наверное, тогда выход один: добавить перед </body> для каждого нового окна:

<script type="text/javascript">ready = 1</script>

А из родительского окна уже по таймеру запускать действие:

$("#link").click(function() {
	var newWin = open(this.href, "Wnd");
	(function() {
		if(newWin.ready) {
			$("a", newWin.document).css("border", "10px solid #f00");
		} else {
			setTimeout(arguments.callee, 20);
		}
	})();
	return false;
});