[nerv_]

вместо

Box.prototype.someVar = 25;

надо

Rect.prototype.someVar = 25;

т.к. Box наследует от Rect

Можешь это почитать

Следоавтельно вопрос: правильно ли организовано наследование в примере выше и если да, то как мне создать "общую" переменную в такой реализации?

я ответил про общую для Rect & Box

function Rect() {}
Rect.prototype.x = 1;

function Box() {}
Box.prototype = Object.create(Rect.prototype);

var box = new Box();
alert(box.x);