[Sweet]

(function () {
    var timerId = null;
    var originTitle = document.title;
    var message = "New text!!!";

    var date = new Date;
    date.setMinutes(0);
    date.setHours(date.getHours() + 1);
    // date - это ближайшее время, когда 00 минут (ну ты понел)
    
    setTimeout(timer, date - new Date);
    
    
    function timer() {
        setTimeout(timer, 3600000); // 3600000 == 60 * 60 * 1000 - 1 час
        
        startNotify();
        setTimeout(stopNotify, 30000);
    }
    
    function startNotify() {
        timerId = setInterval(notify, 800);
    }
    
    function stopNotify() {
        clearInterval(timerId);
    }
    
    function notify() {
        document.title = document.title == originTitle ? message : originTitle;
    }
} ());

Код не проверял - лениво было. А запускать проверку каждую секунду - это говнологика.