[jsnb]

function check() {
   if  input с id="one" есть, то
document.getElementById("one").checked=true;
иначе 
document.getElementById("two").checked=true;
}

Так инпута вообще нет на странице или он скрыт?
Если вообще нет, то в чем проблема, так и пиши:

function check() {
   var oneInput = document.getElementById('one');
   if  (oneInput != null) {
     oneInput.checked = true;
   } else { 
       document.getElementById("two").checked = true;
     }
}

Ну а если скрыт, то проверяй display или чем оно там скрыто.