Будут. Теперь я вас полностью понял.
Вот правильный вариант.
var имяСписка1 = ["значение1", "значение2", "значение3", ...];
var имяСписка2 = ["значение1", "значение2", "значение3", ...];
var rand = Math.round(Math.random() * имяСписка1.length - 1);
window.open(имяСписка1[rand],
имяСписка2[rand],
params);
Но у каждого списка должно быть одинаковое количество элементов.