по стандарту у вас вместо "data:application/pdf,base64;"
должно быть "data:application/pdf;base64,"
точку с запятой и запятую местами перепутали.
потом если вы полчили в base64 код, и пытаетесь его загрузить как ссылку, то декодировать его не надо. то есть функция Base64.decode не используется в этом случае. а если закодировать надо, то тогда encode уж.
var print = window.open('data:application/pdf;base64,'+pdfText, "print", "width=800,height=600,resizable=yes,scrollbars=yes,status=yes");
print.print();
print.close();
если не сработает, то можно открывать как обычную ссылку:
$('a').attr('href','data:application/pdf;base64,'+pdfText)