[Aetae]

Со стопроцентной точностью - никак.(ибо ты не оракул чтоб предсказать - закончил ли юзер крутить окончательно или прервался на момент)
Остаётся лишь ставить задержку выбранную условно:

<div style="height:2500px"></div>
<script>
function setBg(color){
    document.body.style.backgroundColor = color || '';
}
function scroll(){
    if(scroll.scrolling){
        clearTimeout(scroll.timer);
    } else {
        setBg('red');
        scroll.scrolling = true;
    }
    scroll.timer = setTimeout(scrollStop, 200);
}
function scrollStop(){
    setBg();
    scroll.scrolling = false;
}
document.body.onscroll = scroll;
</script>

Можно усложнить привязываясь к mouseup/down итд.