[Gvozd]

потому что у вас множественно добавляется элемент enterLink
Вот так вот работает

function checkFields()
	{
	if(document.getElementById("enter")==undefined)
		{
		var enterLink = document.createElement("a");
		enterLink.setAttribute("id", "enter");
		enterLink.href="#";
		enterLink.innerHTML = "Go!";
		document.getElementById("createdBox").appendChild(enterLink);
		}
	if(document.getElementById("login").value != "" && document.getElementById("pass").value != "")
		{
		document.getElementById("enter").style.display = "block";
		}
	else if(document.getElementById("login").value == "" || document.getElementById("pass").value == "")
		{
		document.getElementById("enter").style.display = "none";
		}
	}

PS Совет:пользуйтесь фаербагом.