Все элементарно Дмитрий витальевич. В твоем случае если ты используешь только jQuery то наверняка есть главная страница index.php c которой начинается загрузка. Пропиши вообще все скрипты которые тебе потребуются в index.php, а про возможность их подключений на других страницах вообще нафик забудь как страшный сон. Тогда и проблемы с подключением скриптов не будет.
Однако тут есть два момента.
1) необязательно просмотр сайта может начаться с index. Чтобы справится с этой задачей отдели layout от страниц на стороне сервера. Layout это в общем часть страницы вокруг контента это и header и footer и подключение скриптов и стилей. Страницы соответственно это огрызок с контентом но без стилей, скриптов, и каких то неизменяемых элементов вроде подвала. Фикус в том чтобы сервер отдающий страницу оборачивал страницы layout'ом. Так как layout один для всех страниц то будет обсолютно фиолетово с какой страницы пользователь начал просмотр сайта, все скрипты или стили один черт подтянутся. Чтобы понять что такое layout посмотри как она устроена в к примеру в YII.
2) Наверняка у тебя есть какой то скрипт который должен срабатывать при загрузке страницы. В этом случае тебе нужно написать
первое) контролер для каждой страницы в котором будут происходить все нужные тебе со страницей манипуляции а это скорее всего просто инициализация jQuery плагинов
второе) роутер который в зависимости от того какая страница была загружена будет передавать управление контролеру этой страницы, или хотябы вызывать какой то callback или поджигать кастомные события как jQuery.pJax.
В добавок ко всему можно сделать финт ушами и научить сервер отдавать страницу без layout если в запросе был передан ключ ?ajax=true. Тогда и страницу ненужно будет разбирать на стороне клиента, то есть сервер сам тебе отдаст только контент. Но это не обязательно делать, но это круто
P.S. Концепция лайоутов поддерживается почти всеми php фреймворками, шаблонизаторами и cms
P.P.S Большинство cms уже имеет возможность отключения лайоута специальным параметром.
P.P.P.S Роутер можно написать самому, использовать готовый
jQuery плагин (рекомендую pJax ), или фреймворк вроде backbon (как один из самых простых)
P.P.P.P.S Решение с подгрузкой скриптов с подгруженных динамически страниц хоть и возможно но из всех возможных решений оно будет самым неуклюжим, ненадежным и сложным в реализации, так что обсуждать думаю лучше не будем.
Если тебе нужен именно сайт то для тебя проще всего заюзать именно jQuery pJax.(это в дополнение к лайоуту и прописыванию в нем всех скриптов и стилей )
Если же хотца пообучаться тонкостям js програмирования то пили роутер с нуля, в принципе ты уже начал это делать теперь дело за келбеком.