[Gvozd]

ваш пример самостоятельно отлично работает и правильно
оба алерта выводят false
видимо ошибку в другом месте, которые вы не разместили тут
копайте дальше.
судя по всему каким-то боком у вас вызывается явно метод start() при конструировании оьъекта

var Counter = function(min,sec,interval,elem){
    this.elem = elem;
    this.countVal = Math.round(min*60) + Math.round(sec);
    this.interval = interval;
    this.isStarted = false; 
    this.isPaused = false;
}
 
Counter.prototype.timer = null;
 
Counter.prototype.start = function() {
    //если таймер не стартовал
    if (!this.isStarted){      
        var that = this;
        this.isStarted = true;
        this.timer = setTimeout(function() { that.printCounter();},this.interval);
    } 
    else{
        return true;
    }
}
counter = new Counter(2,5,500,document.body);
alert('time is null: '+(counter.time===null));
alert('isStarted: '+counter.isStarted);