[x-yuri]

а вообще, я бы принимал массив вида

[{"lat":"56.50097598931345","lng":"21.01032257080078"},{"lat":"56.49983904637648","lng":"20.999422073364258"}]

и заменил вот этот код на

for( var i=0; i<markers.length; i++ )
    for( var j=0; j<allMarkers.length; j++ )
        if( markers[i].lat == allMarkers[j].lat &&   markers[i].lng == allMarkers[j].lng ) {
            markers.splice( i, 1 );
            i--;
            break;
        }
for( var i=0; i<markers.length; i++ )
    insertMarker( markers[i] );
allMarkers = allMarkers.concat( markers );