[ixth]

Не поверишь! timestamp парсится на раз:

(function () {
	//var targetDate = Number($.cookie('timestamp')) * 1000;
	var targetDate = 1406975960000;

	setInterval(function () {
		updateTimer();
	}, 1000);

	function updateTimer() {
		var now = new Date();
		var diff = new Date(targetDate - now);
		updateTimerView(diff.getUTCHours(), diff.getUTCMinutes(), diff.getUTCSeconds());
	}

	function updateTimerView(hours, minutes, seconds) {
		// Тут делаешь анимацию
		console.log('%s:%s:%s', hours, minutes, seconds);
	}

}());