Обнулить - это одно, нполнить нулями - другое.
Обнулить массив можно так:
var arr = [1, 2, 3];
arr.length = 0;
alert(arr);
хотя новый создать проще.)
Наполнить нулями можно новым методом(доступным в последнем firefox):
var arr = [1, 2, 3];
arr.fill(0);
alert(arr);
ну или вручную циклом
.