[Infarch]

Как временную меру, использовал обработчик beforesync:

storeBeforeSync: function(options, eOpts){
		if(options.destroy){
			// reject other operations
			delete options.update;
			delete options.create;
		}
	}

Если происходит удаление, прочие операции отменяются. Выглядит как мега костыль, но пока другого решения нет...