Можно. У плагина есть метод unmask, так что, наверное, можно инициализировать инпут заново с другими параметрами.
<label><input type="radio" value="ua" name="lang"/>ua</label>
<label><input type="radio" value="ru" name="lang"/>ru</label>
<script src="//yandex.st/jquery/1.8.0/jquery.js"></script>
<script>
$('[name="lang"]').on('change', function (e) {
if (e.target.value === 'ua') {
$(".phone").unmask();
$(".phone").mask("+38 (099) 999-99-99",{placeholder:" "});
} else if (e.target.value === 'en') {
$(".phone").unmask();
$(".phone").mask("+7 (099) 999-99-99",{placeholder:" "});
}
});
</script>