[WorM32]

<input type="file">
<input type="file">
<input type="file">
<script>
var files = Array.prototype.slice.call(document.querySelectorAll('input[type=file]'), 0),
    fileValues = [];

files.forEach(function (file, index) {
    file.addEventListener('change', onFileChange);
    fileValues[index] = '';
});

function onFileChange() {
    try {
         var fileName = /([\w\d]+\.[\w\d]+)$/i.exec(this.value)[1]; // простая регулярка для примера. в имени файла допустимы только латинские буквы и цифры
    } catch (e) {
        alert('Упс, что-то не так с именем файла.');
        return;
    }
    if (fileValues.indexOf(fileName) > -1) {
        this.value = null;
        alert('Файл с такими именем уже существует.');
        return;
    }
    var fileIndex = files.indexOf(this);
    fileValues[fileIndex] = fileName;
}</script>