Наткнулся вот на такой вариант установки счетчика - понятней некуда, но он, насколько я понимаю не одобрен яндексом.
Зачем нужно было так усложнять код?
<!-- Yandex.Metrika counter -->
<script src="//mc.yandex.ru/metrika/watch.js" type="text/javascript"></script>
<div style="display:none;"><script type="text/javascript">
try {
var yaCounterXXXXXX = new Ya.Metrika({id: XXXXXX, enableAll: true});
var yaCounterYYYYYY = new Ya.Metrika({id: YYYYYY, enableAll: true});
//...
}
catch(e) { }
</script></div>
<noscript><div><img src="//mc.yandex.ru/watch/XXXXXX" style="position:absolute; left:-9999px;" alt="" /></div></noscript>
<noscript><div><img src="//mc.yandex.ru/watch/YYYYYY" style="position:absolute; left:-9999px;" alt="" /></div></noscript>
<!-- /Yandex.Metrika counter -->