По сути метрика развешивает обработчики на все события на странице и внимательно следит куда и как двигается мышка какие клавиши нажимаются на клавиатуре куда и какой текст вводится
раз в 30 секунд все это отправляется на сервера яндекса все это привязывается к IP печенькам от яндекса логину на яндексе и т.д.