Можно просто писать подряд.
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.js"></script>
</head>
<body>
<div style="height: 100px; width: 100px; background-color: blue; position: absolute;"></div>
<script>
$("div").animate({'left':'100px'},400).animate({'top':'50px'},400);
</script>
</body>
</html>
jQuery сам отложит.