[ixth]

Не обязательно форматировать дату, достаточно передать timestamp:

<?php
// js timestamp — в миллисекундах, PHP — в секундах.
$ltime = 1408370664 * 1000;
?>
<script type="text/javascript">
	$(document).ready(function() {
		var currentDate = new Date();
		var pastDate = new Date("<? echo $ltime ?>"); 
// Невалидная дата при приведении к числу отдает NaN
		if (!isNaN(pastDate)) {
			var diff = currentDate - pastDate;
			window.clock = $('.clock').FlipClock(diff, { clockFace: 'DailyCounter' });
		}
	});
</script>