Попробуйте вот так:
var win1 = window.open("bla.html", "bla");
win1.onload = function() {
var doc = win1.contentDocument || win1.contentWindow.document;
doc.forms[0].elements[0].value='bla bla bla';
}
Т.е повесить обращение к элементам на событие полной загрузки (когда эти элементы уже отображены) и получение к ним доступа через contentDocument.