Тут разрыв шаблона:
Div.id = 'point'+i;
Div.onclick = function (){
$('#flying'+i).css({visibility:'visible'});
};
в id счетчик приваривается, а в функции остается референтным (то есть все кто давит эту функцию давят на последний i). Ну и глюки. Надо по id щелкать, чтоб не париться кложами (closures).
Div.onclick = some_func(this);
some_func(elem){
counter=elem.id.replace('prefix','');
//...
}