Как вариант, можно поместить input в новую форму, выполнить form.reset() и вернуть input на место.
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>test</title>
<meta charset="UTF-8">
</head>
<body>
<div>
<input type="file">
</div>
<button>Reset</button>
<script>
document.querySelector('button').onclick = function () {
var fakeForm = document.createElement('form'),
inputFile = document.querySelector('input[type="file"]'),
inputFileContainer = inputFile.parentNode;
fakeForm.appendChild(inputFile);
fakeForm.reset();
inputFileContainer.appendChild(inputFile);
};
</script>
</body>
</html>