[Stroganov Ilya]

Скорректировал код.
Но всё равно не так как надо. Прошу помочь.

var coords;
var x;
var y;

function init(callback) {   
 
var myGeocoder = ymaps.geocode(city);
myGeocoder.then(
    function (res) {
        coords = res.geoObjects.get(0).geometry.getCoordinates();
        x = coords[0]; // это значение x надо передать дальше
        y = coords[1]; // это значение y надо передать дальше
		
		// Метка 1.
		alert("Коорд х = " + x + "Коорд y = " + y); //  <-- тут сейчас получаем верные желаемые значения
        callback(x,y);
    }
    
);

	// Метка 2.
   x = "59.76";
   y = "30.64";
} 


ymaps.ready(function () {
	
	init(function() {
		alert("Коорд х = " + x + "Коорд y = " + y); //  <-- тут сейчас ТАКЖЕ получаем верные желаемые значения из Метки 1
	});

    var myMap = window.map = new ymaps.Map('YMapsID', {
            center: [x,y], // <- сюда надо передать наши значения x и y из Метки 1. Но мы получаем значения из Метки 2. Что исправить?
            zoom: 9,
            behaviors: ['default', 'scrollZoom']
        });

});