Ну можно в лоб сбросить буфер глубины через glClear но это приведет к тому что новая геометрия отрисуется поверх уже отрисованной что не очень красиво гораздо красивше налажить альфа канал используя буфер глубины как в примере
http://glweb.ru/articles/tutorials/64/132/ <-- урок
http://learningwebgl.com/lessons/lesson08/index.html <-- пример
(в примере выбрать альфу и z единицу или больше)
Это поможет сохранить геометрию освещение и т.д.