Если можно сделать все чекбоксы одного класса, то можно так:
<script type="text/javascript">
function myGetElementsByClassName(class){
var arr=document.getElementsByTagName('*');
var res=new Array();
for(i=0;i<arr.length;i++){
if(arr.item(i).className==class){
res.push(arr.item(i));
}
}
return res;
}
function chkclick(obj){
var arr=myGetElementsByClassName('checker');
for(i=0;i<arr.length;i++){
arr[i].checked=obj.checked;
}
}
</script>
<input type="checkbox" onclick="chkclick(this);">Мейн-бокс<br />
<input type="checkbox" class="checker"><br />
<input type="checkbox" class="checker"><br />
<input type="checkbox" class="checker"><br />
<input type="checkbox" class="checker"><br />