А ларчик просто открывался) Вот так хорошо центрирует...
$(window).resize(function() {$("#my_dialog").dialog("option", "position", ['center','top']);});
Только теперь не понятно как воздействовать на все диалоги... Чтобы не вписывать каждый...
Пробовал так
$(window).resize(function() {$(".ui-dialog").dialog("option", "position", ['center','center']);});
вообще не работает..