[kostyanet]

Собственно это весь интерфейс:

var n = window.prompt("Введите путь к корневому файлу", "");

Замените на функцию нормального выбора папки:

function browseForFolder(start) {

	var BIF_returnonlyfsdirs   = 0x0001;
	var BIF_dontgobelowdomain  = 0x0002;
	var BIF_statustext         = 0x0004;
	var BIF_returnfsancestors  = 0x0008;
	var BIF_editbox            = 0x0010;
	var BIF_validate           = 0x0020;
	var BIF_browseforcomputer  = 0x1000;
	var BIF_browseforprinter   = 0x2000;
	var BIF_browseincludefiles = 0x4000;

	var oShell = new ActiveXObject("shell.application");
	var ssfWINDOWS = 36;
	var oFolder = oShell.BrowseForFolder(0, "Example", BIF_returnonlyfsdirs || BIF_browseincludefiles , 17);
	
	if(!oFolder) return null;

	var oItem = oFolder.parentFolder.parseName(oFolder.title);
	if(!oItem) return null;
	
	return [oFolder.title, oItem.Path];
}