[Safort]

Ну так всё правильно, ты же указал методу load выполнить запуск окна поле события загрузки, вот он и выполнил.
Тебе нужно внутри load не выполнять magnificPopup сразу, а установить событие click на твоё изображение.

$(function() {
  $(window).load(function() {
    $('селектор твоей картинки').click(function() {
      $('.popup-gallery').magnificPopup({
        delegate: 'a',
        type: 'image',
        tLoading: 'Loading image #%curr%...',
        mainClass: 'mfp-img-mobile',
        gallery: {
          enabled: true,
          navigateByImgClick: true,
          preload: [0,1] // Will preload 0 - before current, and 1 after the current image
        },
        image: {
          tError: '<a href="%url%">The image #%curr%</a> could not be loaded.',
          titleSrc: function(item) {
            return item.el.attr('title') + '<small>by Marsel Van Oosten</small>';
          }
        }
      });
    });
  });
});