ОмаЭль,
Ты, кстати, тут и без with мог бы легко обойтись. Тут у тебя она определяющего смысла не имеет, просто сахар, как обычно.
stringFromInput="cos(x)"//получаем строку из поля ввода
result=Function("x", "return Math."+stringFromInput)(1)
alert(result)