[Aetae]

Примерно так должен выглядеть юзерскрипт(без прокликивания, ибо там многое зависит от раелизации):

var d = document;
var text = 'textContent' in d.body ? 'textContent' : 'innerText';

var forEach = Array.prototype.forEach; 
var hash = {};


var fixedDiv = d.createElement('div');
fixedDiv.style.cssText = 'position:fixed;top:0;right:0;background:#fff;border:1px solid;z-index:99999';

var input = fixedDiv.appendChild( d.createElement('input') );
input.type = 'button';
input.onclick = readPage;
input.value = 'Считать артикулы со страницы.';

input = fixedDiv.appendChild( d.createElement('label') );
input.innerHTML = 'Загрузить таблицу:';

input = input.appendChild( d.createElement('input') );
input.type = 'file';
input.onchange = readTable;

input = fixedDiv.appendChild( d.createElement('input') );
input.type = 'button';
input.onclick = setData;
input.value = 'Внести данные из таблицы на страницу.';

var tableDiv = fixedDiv.appendChild( d.createElement('div') );

d.body.appendChild(fixedDiv)
     
function readPage(){
    hash = {}; //очищаем список артикулов полученый с текущей страницы
    forEach.call( d.querySelectorAll('.CoolGridViewTable.table td:first-child'), function(td){
        //заполняем список артикулов текущей страницы
        hash[td[text].trim()] = td.parentNode;
    })
    console.log(hash)
}

function readTable(){
    var reader = new FileReader();
    reader.onload = function(event) {
        //считываем таблицу из файла
        var contents = event.target.result.match(/<table[\s\S]+<\/table>/);
        if(!contents) return console.error("Нет таблицы.");

        //преобразуем в код и отображаем
        tableDiv.innerHTML = contents[0];
    };

    reader.onerror = function(event) {
        console.error("Файл не может быть прочитан! код " + event.target.error.code);
    };

    reader.readAsText(this.files[0]);
}

function setData(){
    //проходимся по всем рядам загруженной таблицы
    forEach.call( tableDiv.querySelectorAll('td:nth-of-type(3)'), function(td){
        var rowTo = hash[td[text].trim()], //получаем ряд таблицы на странице с таким артикулом
            rowFrom = td.parentNode; 
  
        if( rowTo ) { //если ряд с таким артикулом существует
            var qty = parseFloat(rowFrom.cells[3][text]), //получаем кол-во в виде текста и преобразуем в число
                price = parseFloat(rowFrom.cells[4][text].replace(/[,\s]+/g, '')); //получаем цену в виде текста, очищаем от запятых и преобразуем в число

            rowTo.cells[1].click(); //кликаем по клетке дабы появились поля ввода

            rowTo.querySelector('input[name="qty"]').value = qty; //вносим кол-во
            rowTo.querySelector('input[name="price"]').value = price;  //вносим цену

            rowTo.querySelector('a').click();  //кликаем по первой ссылке 

            rowFrom.parentNode.removeChild(rowFrom); //удаляем из загруженной таблицы отработанную строку(если какие строки остались - значит такой артикул не найден)
        }
    })
}

Могут быть всякие подводные камни связанные с задержками.
По хорошему конечно надо просить это всё сделать разработчиков ваших, через внутреннюю систему.)