Ну так у тебя myMenu - это функция, у нее нет методов. Делай так:
window.myMenu = (function () {
var pub
function AddMenu(a,b) {
for (var i=0;i<menuList.length;i++)
if (menuList[i][1] == a) {
menuList[i].push(b)
menuList.push(b)
}
return pub
}
pub = {
'AddMenu': AddMenu,
}
return pub
})();