[spin]

var obj = {val: "aaa"};
var test =
{
 o1: obj,
 o2: obj
};
alert(test.o1==test.o2);

localStorage.test = JSON.stringify(test);
localStorage.test1 = JSON.stringify(obj);
test = JSON.parse(localStorage.test);
obj = JSON.parse(localStorage.test1);
test.o1=obj;
test.o2=obj;
alert(test.o1==test.o2);

а как быть когда
а) таких ссылок дофига (десятки, может сотни)
ссылки на объекты лежат в двухмерном массиве
б) заранее неизвестно какие именно ячейки ссылаются на один
объект, а какие нет
это всё динамически