[kostyanet]

Потому что это мегабаян в стопицотый раз показывать как воткнуть в элемент класс с transition, а потом выткнуть класс с transition.

Я как-то тоже поискал годный простой попуп и все равно написал свой. Принцип точно такой же:

var popup_message=function(title){
	if(!title)
		return;
	if(typeof pop_message === 'undefined') {
		pop_message=document.body.appendChild(document.createElement('div'));
		pop_message.className='pop_message';
	}
	pop_message.title=title;
	pop_message.classList.add('pop_message_show');
	setTimeout(function(){
		pop_message.classList.remove('pop_message_show');
	},1500);
};

div.pop_message {
	position:fixed;
	top:0;
	width:100%;
	text-align:center;
	visibility:hidden;
	opacity:0;
	transition:opacity .5s;
}
/*
*/
	div.pop_message:before{
		content:attr(title);
		display:inline-block;
		background-color:#a00c20;
		font-size:14px;
		line-height:30px;
		color:white;
		padding:0 20px;
		box-shadow:3px 3px 5px rgba(95,65,25,0.15);
	}
	
div.pop_message_show {
	visibility:visible;
	opacity:1;
	transition:opacity .5s;
}

ундерстенд?