Почему так не сравнивает?
<script>
var s = prompt('Nomer', '');
if (s == null) {
alert('Проверка отменена');
} else if ((s[0]==s[1])&& (s[1]==s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])) {
alert('message1');
} else if ((s[0]!=s[1])&& (s[1]!=s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])){
alert('message2');
} else {
alert('message3');
}
</script>