[krutoy]

deep4565,
а что именно не сравнивает? вторая ветка работает нормально, дальше не смотрел

var s = "aaaaaa"
if (s == null) {
  alert('Проверка отменена');
} else if ((s[0]==s[1])&& (s[1]==s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])) {
    alert('message1');
  } else if ((s[0]!=s[1])&& (s[1]!=s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])){
   alert('message2');
  } else {
    alert('message3');
  }

ЗЫ третья тоже работает

var s = "xyzzzz"
if (s == null) {
  alert('Проверка отменена');
} else if ((s[0]==s[1])&& (s[1]==s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])) {
    alert('message1');
  } else if ((s[0]!=s[1])&& (s[1]!=s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])){
   alert('message2');
  } else {
    alert('message3');
  }