[Aetae]

Так попробуй:

<?php
        elseif ($_COOKIE['mysite_main_display'] == 2){
             
            $ret="<script>
                    \$(document).ready(function(){
                    alert ('1111');
                    document.getElementById('mainarticle').style.display = 'none';
                    document.getElementById('artioff').style.display = 'block';
                    })
            </script>";
        }
        return $ret;
?>

Но вообще ты глупостями занимаешься. Раз ты генерируешь страницу с помощью php так генерируй сразу без болка или с ним в зависимости от куки, нафига скрипт то использовать?