Дополню, изначально сделал вот так и кнопка закрыть на баннере работает, куки надо привязать...
$(document).ready(function(){
$("#flash").flash({
src: 'banner.swf',
width: 350,
height: 350,
wmode: 'transparent'
});
$("#flash").css({position: 'absolute', zIndex: 10, height: 350, width: 350, top: 30, left: 100});
});
function kill(){
document.all['flash'].style.display="none";
};