megaswin,
Да, при подключении к дереву нового элемента link с ссылкой на css-файл все стили из него будут "перекрывать" стили из ранее загруженного файла.
В реализации такого скрипта вам нужно будет следить, чтобы "очищались" уже загруженные соответствующие стили. Или использовать один элемент link с специальным идентификатором, в котором просто менять свойство href. Вот простая реализация, на которой можно протестировать работу и наследование классов стилей при "фоновом" подключении css-файла:
function changeStyle(href) {
var styleElement = document.createElement("LINK");
styleElement.rel = "stylesheet";
styleElement.type = "text/css";
styleElement.href = href;
document.getElementsByTagName("HEAD")[0].appendChild(styleElement);
}