[Aetae]

var data = [
    ["Name","1"],
    ["Name","2"],
    ["Name","1"],
    ["Name","2"],
    ["Name","1"],
    ["Name","2"],
    ["Name","1"],
    ["Name","2"],
    ["Name","1"],
    ["Name","2"]
];

var sortedArray = [];
for (var i = 0; i < data.length; i++) {
    
    var index = data[i][1] - 1;
    if (!sortedArray[index]){
        sortedArray[index] = [];
    }
    sortedArray[index].push(data[i]);
}

console.log(sortedArray)

Только, как намекнули выше, с сервера стоит получать уже в нужном виде, и не городить лишнего.
igorz, может вместо order by использовать group by, нэ?